マイメロディ（通称マイメロ）は、人間世界やマリーランドの滅亡を目論んだダークパワーの野望を阻止し、王様から受けた使命を果たしたため、人間界でお友達になった夢野歌たちに別れを告げ、捕らえたクロミとバクと共に、マリーランドへ戻っていった。
マリーランドに戻されたクロミとバクは、脱走し世界を滅亡に導いた罰として、お城の反省室に入れられ反省文を書いていた。
しかし、前作と同様、反省室の壁を壊し、隣の宝物庫から新たなメロディ・キーや謎のアイテムを盗み、お城を抜け出して人間界へ逃げてしまう。
マイメロは、アンダンテの森でフラットくんたちと遊ぶ日々に戻ったが、歌のことを思い出していた。
その時、クロミが再び人間界に逃げたことで、王様からクロミの悪巧みを止める使命を受ける。
そして、メロディ・タクトや新しいアイテムとしてお助けキャラを呼べるタロットカードを授かり、人間界へ向かった。
一方、人間界の歌も、マイメロに会いたいと思っていると、その夢の匂いを嗅ぎつけたクロミが悪夢魔法をかけてしまい、クラスメイトが変身し授業どころではなくなる。
そこにマイメロが現れ、新しいアイテムで悪夢魔法を解き、再び夢野家にお世話になることになった。